Juste quelques années après sa création, la Pana a commencé à connaître des crises financières plus ou moins aigües du fait de l'irrégularité des contributions des États membres et dans les années 90, l'agence a connu des moments très difficiles.
Elle fait l’objet d’une liquidation en octobre 1997 et devient une société anonyme, Panapress SA.
En 2000, dans le cadre d’un effort pour relancer l’agence, il y a eu le soutien de l’Unesco et de certains États, notamment la Lybie de Muammar Khadafi, qui ont mis de très importants montants financiers à sa disposition, suffisants pour lui assurer, d’une part son autonomie pour au moins dix ans et d’autre part lui permettre de générer ses propres fonds pour son développement, mais après trois ans seulement l'agence renoua avec les crises financières.
Depuis 2003, l’agence traverse une crise à la fois structurelle et chronique qui s’est manifestée par l’absence de paiement régulier des salaires, le départ de la majeure partie du personnel du siège à Dakar et la suppression des bureaux sous régionaux (Yaoundé, Abidjan, Nairobi, Addis-Abeba, Lagos). La même hémorragie est notée au niveau de l’administration, du desk traduction et du département des technologies de l’information. Le service photo qui était si prometteur et faisait des résultats très intéressants a été supprimé en 2018, ainsi plus de 53.000 images d’archives de reportages photo de haute facture dans tous les domaines — un trésor inestimable — sont à l’abandon et risquent tout simplement de disparaitre. Pour le fil d'information texte, il est actuellement quasi-mort, avec de très mauvaises dépêches relevant du bidonnage et de la reprise d’autres parutions.
Depuis décembre 2020, les salaires des employés n’ont plus été payés et ils observent depuis lors une grève illimitée pour réclamer le paiement intégral des arriérés dus. 
Ceux qui ont atteint l’âge de la retraite sont partis sans que leurs arriérés de salaire ne soient payés et n’ont pas perçu leur indemnité de fin de carrière et autres droits. Les ayants-droits des défunts continuent toujours de courir après les sommes que Panapress leur doit. 
Les nouveaux locaux de l’agence octroyés gracieusement par l’État sénégalais sont déserts. Le peu d’employés qui y venaient sont finalement restés chez eux.
 
Après plus de trente (30) ans à la tête de Panapress, le Directeur général Babacar Fall a mené l'agence à la faillite par une mauvaise gestion chronique. Cela a conduit à cette situation de cessation de paiement depuis plus de (4) années, les employés fatigués des mensonges récurrents d’un paiement « imminent » sont toujours en grève. 
Panapress semble être une entreprise fantôme, car personne ne peut dire qui administre l’institution, qui sont les membres du Conseil d’administration dont on annonce parfois des décisions en son nom. A plusieurs reprises, les employés avaient demandé des informations sur l’organisation institutionnelle mais il n’y a jamais eu de réponse. Les réunions statutaires de l’organe de direction sont quasi-secrètes. Après la mise en place d’un collectif par les
employés à un moment de crise profonde en 2018, le personnel avait demandé à être représenté aux réunions du Conseil d’administration, si celui-ci existait réellement, mais le directeur a catégoriquement refusé.
Rappelons qu’après une réunion du Conseil d'administration dont on nous a informé qu’après sa tenue, la dernière dont nous avons eu connaissance d’ailleurs, en octobre 2018, le Président du conseil d’administration (PCA) d’alors avait réuni les employés pour annoncer qu’une décision avait été prise stipulant que le Directeur général devenait intérimaire pendant une période de transition d’une année et serait remplacé. M. Babacar Fall est toujours là !!! Et il est là depuis plus de 33 années. 
A plusieurs reprises les employés regroupés autour du collectif ont initié des actions — certains avaient même prévus de se lancer dans une grève de la faim — l’initiative culminante a été cette grève illimitée qui continue toujours. Babacar Fall a opté comme méthode de gestion de crise le silence, un mépris adressé aux employés et l’usure du temps.  
Dès sa mise en place, le collectif lui avait soumis un mémorandum exposant les dysfonctionnements graves et les violations criantes des droits les plus élémentaires des employés : des salaires n’obéissant à aucune nomenclature ou classement, pas d’avancement, des employés se retrouvant avec des contrat à durée déterminée pendant plus de dix (10) années de service, etc., il s’est illustré par un silence et un mépris total. Nous avions interpellé l’inspection du travail à l’époque. Ces défaillances ont été possibles parce qu’il y a toujours eu un vide juridique et administratif voulu par le tout puissant directeur qui décide de tout. Depuis plus de vingt (20) années il n’y a pas eu de département administratif et financier. A plusieurs reprises, des Directeurs administratifs et financiers (DAF) qui se sont succédé ont été systématiquement licenciés parce qu’ils voulaient juste faire leur travail dans les normes, et ce département est resté non opérationnel depuis des décennies. Finalement, un comptable qui n’a aucune connaissance des ressources humaines a été promu Chef du personnel. Il ne doit sa position qu’a son zèle et dévouement au DG pour qui il exécute les basses besognes (licenciements illégaux, retenus sur les salaires et honoraires, chantages, blocage de mots de passe pour accéder à la plateforme et autres.) au détriment du personnel. Il refuse systématiquement de délivrer des certificats de travail aux employés en grève qui doivent faire valoir leur droit à la retraite, leur empêchant ainsi de constituer leur dossier auprès des institutions de prévoyance auxquelles ils sont affiliés pour pouvoir percevoir leur pension. Le barème des salaires ne répond à aucun critère, ni de diplôme et/ou qualification, ni d’ancienneté, mais négocié personnellement selon la proximité qu’on a avec le directeur. Pour cela nous demandons la tenue d’un audit administratif et organisationnel de l’institution dans le cadre d’une vérification générale  
Tout cela a été possible parce que le Directeur général a tout fait pour empêcher la syndicalisation des agents, toute initiative visant à mettre en place une section syndicale a eu pour répercutions le licenciement expéditif et systématique des initiateurs. Après la création du collectif des employés, les membres du bureau ont tous été illégalement et abusivement licenciés après le lancement de la grève et il leur fut interdit de mettre les pieds dans leur lieu de travail.
Panapress est une organisation internationale qui bénéficie toujours d’un accord de siège et d’un statut diplomatique — octroyés par le gouvernement du Sénégal — dont jouit le Directeur général, Babacar Fall, ainsi que d’exonérations de toutes sortes. Personne ne sait quelle est l’institution qui en assure la tutelle, depuis des années nous adressons des correspondances par voie officielle et entrepris des démarches auprès du ministère des Affaire étrangères et de celui de la Communication et même à l’autorité suprême qu’est le chef de l’État mais il n’y a jamais eu de suites. Une lettre avait été adressée aux présidents de l’Union africaine (UA) et de la Commission de l’UA. Les démarches initiées auprès du Haut conseil du dialogue social (HCDS) ainsi qu’à la division des affaires juridiques et du contentieux du ministère des Affaires étrangère dont le chef nous a reçu une fois, n’ont mené à rien.
Pourquoi rien n’est fait par l’État sénégalais qui abrite Panapress sur son sol ? Pourquoi l’organisation continentale (OUA/UA) qui avait porté sur les fonds baptismaux l’organe d’information et de communication de tout un continent en est arrivée à s’en dessaisir complètement ? Pourquoi on laisse un directeur général, qui semble être titulaire d’un poste à vie, mener un outil continental à sa perte sans aucune intervention ? Pourquoi une agence continentale est prise en otage par une poignée d’individus ? Pourquoi l’État du Sénégal qui attribue à la PANA une subvention annuelle, tirée de l’argent des contribuables sénégalais, ne vérifie pas l’utilisation de ces fonds ? Pourquoi est-ce que M. Babacar  Fall semble être un « intouchable » depuis plus de trente (30) années ?
Le Sénégal, pays qui l’abrite depuis sa création, a changé de dirigeants depuis mars 2024. C’est dans cette perspective que nous lançons un appel solennelle à la nouvelle équipe qui préside aux destinées de ce pays depuis plus d’une année maintenant pour qu’elle se penche sur la crise qui sévit à la Pana depuis des décennies afin de trouver une solution qui mettra enfin un terme aux violations grave des droits des travailleurs, au calvaire continu de pères et mères de familles qui ne demandent qu’à être payés.
Nous avons grand espoir que les torts seront redressés. Nous demandons justice pour les employés illégalement et abusivement licenciés pour avoir réclamé leur dû, pour mettre fin à l’impunité qui a permis aux dirigeants de Panapress de piétiner les droits des travailleurs. Nous demandons une reddition des comptes par ceux qui en ont fait leur propriété. 
Pour remettre sur les rails l’agence de presse qui avait suscité tant d’espoirs pour les africains à sa création et pour insuffler un nouveau départ et l’instauration d’une organisation véritablement au service du continent africain, comme ce fut le projet et le vœu du regretté ancien directeur de l’Unesco Amadou Makhtar Mbow qui fut une cheville ouvrière de ce noble programme, il sera nécessaire d’abord de situer toutes les responsabilités de la faillite. L’obligation de rendre compte s’avère nécessaire. 
POUR LE PAIEMENT INTEGRAL DE TOUS LES ARRIERÉS DE SALAIRE DUS AUX EMPLOYÉS DE PANAPRESS !
NON AU LICENCIEMENT ILLÉGAL DES EMPLOYÉE EN GREVE !
POUR UN REDRESSEMENT DES TORTS ET PREJUDICES CAUSÉS AUX EMPLOYÉS  DE PANAPRESS !
NON A L’IMPUNNITÉ !
LE COLLECTIF DES EMPLOYÉS DE PANAPRESS